A utilização da inteligência da Polícia Federal provocou um confronto entre os ministros do Supremo Tribunal Federal Alexandre de Moraes e André Mendonça. Relatórios secretos foram usados em uma investigação contra Mendonça, o que levantou preocupações sobre possível desvio da finalidade da instituição e risco de uso político da corporação.
No dia 1º de setembro, Moraes solicitou à PF documentos que monitoravam Mendonça. Os relatórios foram usados para acusar o ministro de improbidade administrativa e abuso de autoridade. A medida ocorreu após Mendonça tornar pública uma investigação que sugeria que Moraes teria recebido valores para proteger um ex-banqueiro.
Os documentos, produzidos pela PF em agosto, eram apócrifos, sem assinatura ou origem clara, e continham análises políticas e subjetivas. Um deles sugeria que o presidente Lula evitasse indicar Jorge Messias ao STF. O argumento era que Messias e Mendonça teriam uma matriz religiosa comum e apoio de igrejas evangélicas, o que poderia influenciar a atuação do indicado em casos sensíveis para o governo.
Mendonça afirmou que o monitoramento da vida privada e política de autoridades lembrava distopias autoritárias. Especialistas apontaram que a inteligência policial deve antecipar movimentos de organizações criminosas e proteger o Estado, não acompanhar autoridades por suas convicções pessoais, religiosas ou posições políticas.
A crise também provocou decisões conflitantes sobre o comando da PF. Mendonça determinou o afastamento do diretor-geral Andrei Rodrigues e do diretor de inteligência Leandro Almada, além de proibir a criação de novos relatórios. Flávio Dino anulou o afastamento. Depois, Edson Fachin invalidou as duas decisões.
Rodrigues afirmou que apenas cumpriu ordens de Moraes ao enviar os documentos. Segundo ele, a atividade de inteligência serve para produzir conhecimento, e não necessariamente provas para condenações judiciais.
